Pierwsza wzmianka o majątku Szejpiszki pochodzi z 1685 r. Należał on wówczas do Kazimierza i Marianny z Pincewiczów Kaszyńskich. Bez mała 100 lat później właścicielami dóbr, które obejmowały folwark Szejpiszki i małą wioseczkę, złożoną zaledwie z dwóch gospodarstw, była rodzina Kotarskich.

Od niej to w 1773 r. kupił te włości urzędnik dworski, dzierżawca w dominikańskich Sejnach i królewskim Pomorzu, Kazimierz Habermann, którego ojciec przybył do Polski z Czech. Jego syn, Michał Józef, marszałek szlachty i sędzia pokoju powiatu sejneńskiego, po objęciu ojcowskiego majątku powiększył go znacznie przez zakup leżących po sąsiedzku ziem i wkrótce był właścicielem 430 ha.

Po Michale Józefie dziedzicem na Szejpiszkach został jego syn Franciszek, a następnie wnuk Michał.

Ten ostatni zmarł bezdzietnie wkrótce po ślubie, pozostawiając opiekę nad rozległymi dobrami – oprócz Szejpiszek, jeszcze 238 ha na Polesiu – na barkach swojej żony, Sabiny ze Świdów.

Młoda wdowa gospodarzyła na dużym majątku nadspodziewanie dobrze. Zatrudniła 12 ogrodników, hodowała konie, założyła dużą pasiekę, wytwarzała masło i świetne sery, na które miała nabywców w Warszawie. Robotnicy rolni, pracujący u Habermannowej w okresie międzywojennym, wyrażali się o niej bardzo dobrze. Pamiętali, iż opiekowała się chorymi, sprowadzała im lekarstwa, wzięła do dworu ze wsi na wychowanie dwójkę dzieci, nie pozwalała niszczyć bez potrzeby roślin, walczyła z pijaństwem wśród chłopów.

Przez długi okres zarządcą majątku był niejaki Czuchnowski – dość tajemniczy przybysz z Ukrainy.

Kiedy wybuchła II wojna światowa, dziedziczka Szejpiszek opuściła dwór i podzieliła część majątku między mieszkańców wioski, jednego z wychowanków i Czuchnowskiego. U swego zarządcy zresztą zamieszkała i on ją po śmierci pochował w rodzinnym grobowcu Habermannów w Smolanach.

W okresie kolektywizacji w Szejpiszkach powstało Państwowe Gospodarstwo Rolne, które doprowadziło kwitnący przed wojną majątek do ruiny.

Budynek dworski jako tako się trzymał, ale kiedy w końcu lat 70. u.w. został opuszczony przez dotychczasowych mieszkańców – pracowników PGR, szybko został zdewastowany.

Na szczęście – we współczesnym już nam czasie – znalazł się prywatny nabywca, który spowodował, że dwór znowu prezentuje się pięknie.

Historię miejscowości i majątki przygotowali państwo Katarzyna i Jerzy Samusikowie zajmujący się̨ zbieraniem materiałów dotyczących historii szlacheckich siedzib znajdujących się̨ na terenie Podlasia i pogranicza polsko-litewsko-białoruskiego. Efektem tych poszukiwań są̨ wydawnictwa albumowe („Pałace i dwory Białostocczyzny”, „Dwory w Łomżyńskiem”, „Dwory i pałace Podlasia”, „Dwory i pałace na Kresach Wschodnich”, „Dwory i pałace Polski północo-wschodniej”) oraz wiele artykułów prasowych.